Nació en la ciudad de Quetzaltenango el 28 de julio de 1889. Sus padres fueron el doctor Enecón Mora y Angela Portillo de Mora. Realizó sus primeros estudios escolares en el Liceo Occidental y continuó en el INVO (Instituto Nacional de Varones de Occidente), pero a causa de la destrucción de la Cuidad de Quetzaltenango por el terremoto en 1902 tuvo que proseguir sus estudios secundarios en la Cuidad de Guatemala. Luego ingresó a la Escuela Politécnica y en 1905 se graduó con el rango de alférez (rango que en la actualidad no existe). Posteriormente estudió bachillerato en el Instituto de Varones de Guatemala.
Ingresó a la Universidad de San Carlos de Guatemala, cuando era decano de dicha facultad el doctor Julián Rosal. Se graduó de Médico y Cirujano el 24 de abril de 1916, presentando su tesis: “Consideraciones médico legales sobre el código penal de Guatemala”; con la cual se hizo acreedor al Premio Flores.
Costeó sus estudios trabajando como escribiente del Ministerio de Gobernación y Justicia. En 1925, el doctor Mora contrajo matrimonio con la señorita Rosa Castañeda, naciendo de esta unión tres hijos: Federico (residente en Estados Unidos), Angela (también residente en Estados Unidos), y Cordelia Rosa, quien reside en la Ciudad de Guatemala.
Fue becado a México en 1913, cuando concluyó sus estudios en la Universidad de San Carlos de Guatemala. En aquella cuidad realizó estudios sobre la vacuna de la Rabia. Regresó a Guatemala y prestó servicio militar. Trabajó como médico dos años en el interior de la República (Puerto Barrios y Puerto de San José). Fue redactor de la Revista Juventud Médica y años más tarde fue Presidente de esta sociedad.
Entre los años 1918 y 1922 realizó estudios de especialización en el extranjero.
Fue jefe del servicio de Médico Forense del Hospital General San Juan de Dios y profesor de Medicina Legal en la Escuela de Medicina de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Asimismo fungió como Catedrático de Psicología en dicha Universidad y posteriormente en la Universidad Rafael Landívar.
Desde su fundación el Instituto Guatemalteco de Seguridad Social conto con el doctor Mora como uno de sus asesores, siendo presidente del Consejo Técnico. Fue director de la Primera Sala de Hombres del Hospital General San Juan de Dios, hasta cumplir 65 años, cuando se jubiló.
El Dr. Mora fungió como Ministro de Educación Pública en 1926, durante la administración del General Lázaro Chacón; Cónsul de Guatemala en Amburgo en 1927; Embajador de Guatemala en Alemania (1928-1931); Primer Ministro de Salud Pública en 1945 (luego de la Revolución de Octubre de 1944) y Primer Rector de la Universidad de San Carlos de Guatemala.
El doctor Carlos Federico Mora siempre se caracterizó por ser un profesor notable, lógico, claro en su exposición y terminante en sus juicios. A su vez desarrolló un hogar digno de respeto y de orden. Considerado por muchos como un perfecto discípulo de Hipócrates, dio muestra ejemplar de ello al renunciar a la Rectoría de la Universidad de San Carlos de Guatemala, cuando se sintió ofendido por las expresiones vertidas en la primera Huelga de Dolores que los estudiantes celebraron después de la caída de la última dictadura. Este hecho constituyó una prueba más del respeto que tenía por sí mismo y del trato que esperaba de las demás personas.
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